ניתוח התנהגות מושתת על הפילוסופיה הביהביוריסטית ומושרש בעבודה מחקרית מראשית המאה ה-20, בעבודתו התיאורטית של John B. Watson , בעבודתו של Edward Thorndike אשר חקר התנהגות בעלי חיים, ובעיקר בעקבות עבודה רבת שנים של החוקר B. F. Skinner , אשר ניסח עקרונות יסוד המגדירים את הלמידה האופרנטית, למידת בעלי חיים ואורגניזמים בסביבה. (מתוך אתר מנט"ה)

שילוב זה בין תפיסה פילוסופית תיאורטית לבין ידע מחקרי בסיסי, הופך את הדגש היישומי של ניתוח התנהגות לתקף ולהגיוני. מנתחי התנהגות מבססים את החלטותיהם על ידע אמפירי מהימן ועל מודלים תיאורטיים הנובעים ממנו. (אלדר, 2002)

השאלות המרכזיות בהן מתמקדים מנתחי התנהגות הן מדוע התנהגות משתנה לאורך זמן, מהן הסיבות להתנהגות ומה משמר אותן. את התשובות לשאלות אלו מחפשים מנתחי ההתנהגות בתפקיד ובהשפעת הסביבה על ההתנהגות.

לניתוח התנהגות יישומי שבעה מאפיינים:

1. התנהגות – מנתח ההתנהגות מתמקד בהתנהגות כמוקד לשינוי. במקצועות טיפוליים אחרים ההתייחסות לגורמים להתנהגות עשויים להיות נתונים להשערה ופרשנות. בתחום זה של ניתוח ההתנהגות היישומי, מנתח ההתנהגות יפעל על פי התייחסות להתנהגות נצפית, ולא על פי פרשנות מצב.
2. אנליטיות – מנתח ההתנהגות יבצע ניתוח של הקשרים בין הסביבה וההתנהגות. בעקבות גילוי הקשרים, הנעשה בניתוח מקצועי המבוסס על נתונים נראים ולא פרשניים, מנתח ההתנהגות יוכל להביא להשערה מה מוביל להתרחשותה של בעיית התנהגות וכן על בסיס ממצאי ניתוח אלה, לבנות תוכנית התערבות טיפולית.
3. יישומי – מנתח ההתנהגות שם דגש על ההתנהגותיות המשמעותיות לאדם וסביבתו.
4. טכניות – פעולותיהם של מנתחי התנהגות הינן מבוססות מחקרים קודמים וידע שנצבר בספרות המקצועית ולכן יש הקפדה על שימוש בפרוצדורות ברורות שניתנות לשחזור (רפליקציה) בעתיד על ידי מנתחי התנהגות אחרים או עבור לקוחות אחרים, המציגים נתונים דומים לאלה שנמצאו וטופלו.
5. הכללה – מנתח ההתנהגות עוסק בהפחתה של התנהגויות לא נאותות, וכן בהקניה של ידע חדש. בכל עת, מנתח ההתנהגות שם דגש על לימוד באופן שיעודד העברה של היכולות הנלמדות, לסביבות אחרות, ומעבר למועד שבו נרכשו.
6. קונספטואלית שיטתית – מנתח ההתנהגות מקפיד על שימוש אחיד במונחים מקצועיים. שפה זו המשותפת לכל מנתחי ההתנהגות מאפשרת שיח מדעי מקצועי והעברת ידע באופן מדויק. שפה משותפת זו נלמדת עד היסוד על ידי כל מי שנבחן ומוסמך כמנתח התנהגות.
7. אפקטיביות – מנתח ההתנהגות לא יסתפק בהצגת תוצאות המראות שיפור בבעיית התנהגות, אלא יקדם את הטיפול כך שיוביל לשיפור ברמה הפרקטית, בחייו של הלקוח וסביבתו, ושישמר לאורך זמן.

מנתחי התנהגות במערכת החינוך עובדים עם תלמידים על רצף הגילאים השונים החל מהגיל הרך ועד חטיבות הביניים. עבודתם מתקיימת במסגרות במודלים שונים בהתאם למיפוי הצרכים במסגרת החינוכית, ותפקידם הוא לזהות חוקיות בהקשרים בהם מופיעה התנהגות אצל התלמיד על-ידי תצפיות ואיסוף נתונים שיטתי. בעזרת נתונים אלו נבנית תוכנית התערבות הכוללת התאמת הסביבה הלימודית לתלמיד כך שיצליח בהתנהגותו, ועידוד התלמיד לנקוט בהתנהגויות נאותות ומותאמות לסביבת בית הספר. לאורך הפעלת תוכנית ההתערבות מנתחי ההתנהגות בוחנים בעקביות את השפעתה על-ידי איסוף נתונים מתמשך ואף משנה אותה על-פי הצורך.

ההתערבות הנה אישית מול התלמיד – בקבוצה, בכיתת הלימוד, בהפסקות ולעתים קרובות גם התערבות כיתתית כיצירת סביבת לימודים מזמנת עבור התלמיד.

מנתחי ההתנהגות במסגרות החינוכיות עובדים עם הצוות החינוכי במודל של שותפות, הנחייה וליווי מקצועי מתמשך.